Hallo,
nachdem ich bisher immer nur stiller Mitleser war und mir aber dadurch schon den einen oder anderen guten Tip eingeholt habe, möchte ich jetzt auch mal versuchen zu helfen 
Hatte das Gleiche bzw. ein ähnliches Problem.
Nur bei mir war es ein knacken an allen Türen.
Sobald ich, wie der TE schon sagte, die Scheiben einen Millimeter geöffnet habe, war es weg.
Bis ich irgendwo gelesen habe, dass es an den Filzrändern der Shadowline lag.
Der Wagen wurde zwischenzeitlich Poliert und der Polierstaub (Pollenstaub geht aber auch gut) hat sich in den Filz gesetzt.
Durch den Kontakt des Filzes entsteht dieses Geräusch. Durch die fehlende Spannung beim öffnen der Fenster "reibt" es nicht mehr und das Knacken verschwindet.
BMW kennt das Problem!!! Einfach mal von Aussen bei geschlossener Tür gegen die Scheibe drücken.....dann müsste das Knacken auch da sein.
Es gibt bei BMW einen Rollpen (der auch eine Filzspitze hat) der ein ganz bestimmtes Schmiemittel beinhaltet (muss Goldanteile haben---- ich glaub 5mg kosten 30 € !!!!!!!!!)
Ich habe diesen Rollpen gerade nicht da aber kann bei Bedarf den Namen rausfinden.
Habe mir den Luxus gegönnt und siehe da.......Filz eingeschmiert....Stille.
Hoffe das Dir das weiterhilft.....macht einen wahnsinnig das Geräusch (vorallem wenn man nicht weiss wie man es abstellen kann).
Beste Güsse
Stephan