Hallo Ugur,
schöner e61!!! 
Wir standen ebenfalls vor der Entscheidung 5er o. 3er Kombi. Was die Wertigkeit - insbesondere im Innenraum - anbelangt, konnten wir keine großen Unterschiede zwischen 3er und 5er ausmachen. Ohnehin finde ich die beiden Cockpits recht ähnlich gestaltet, einzig die Schalterleiste unterhalb des DVD-Laufwerks ist beim 3er eine Ansammlung von Blindschaltern, das ist beim e61 schöner gelöst.
Im Rahmen unseres Budgets (35.000 - 40.000€) waren es folgende Punkte die für den e90 sprachen:
1. weniger KM
2. jüngeres Fahrzeug (mit Werksgarantie)
3. EU5
4. sportlicher
für den e61:
1. mehrPlatz - wobei hinter mir im 5er auch niemand sitzen möchte, der Kofferraum fasst 50L mehr
2. NIveauregulierung an der HA
3. HeadUp-Display
4. elektrische Heckklappe
5. Sitzbelüftung - ist aber sowieso seeeeehr selten zu finden
6. ACC mit Stop&Go
7. komfortsitze
Im Endeffekt haben wir die +-Punkte des e91 als gewichtiger angesehen und sind zudem über ein Angebot gestolpert, bei dem wir nicht "nein" sagen konnten. Ausstattung war ähnlich dem e91 aus Deinem Link, nur 1/2 Jahr älter (gleiche KM-Leistung), ACC und inidiv. Sound System. Dafür aber keine Standheizung. Die Kiste konnten wir für knapp unter 40.000€ ergattern, ich meine daher, dass Deiner etwas zu hoch angesetzt ist und daher noch etwas Verhandlungsspielraum vorhanden sein dürfte.