Die ABE gilt nur im Serienzustand mit Serienteilen. Da du z.B. andere Federn und Spurplatten hast, gilt die ABE nicht mehr und du musst das Ganze anhand von Teilgutachten für alle geänderten Komponenten zusammen abnehmen lassen.
Das bedeutet, dass nur die Kombination im aktuellen Zustand abgenommen wird und Änderungen wie neue Felge mit Teilegutachten wieder komplett und zusammen abgenommen werden müssen.
Das Ganze hatte ich damals für meinen E46 und dem KW V2 schon durch und war auf Dauer extrem nervig, aber nicht anders machbar.
Und da eine Abnahme mit Teilgutachten immer Ansichtssache des Prüfers ist, weil er im Zweifelsfall dafür den Kopf hinhalten muss, gibt es eben solche und solche. Zudem gibt es an jeder Karosserie Toleranzen, die von Modell zu Modell (E90,91, 92, 93) und vom VFL zum LCI ganz anders aussehen können. Daher kann es am E90 VFL passen, aber am E91 LCI müssen die Kanten gezogen werden oder es gar nicht.
Und zum Thema Umbau: So ganz Unrecht hat er nicht, er kann z.B. bei sicherheitsrelevanten Teilen theoretisch eine Bestätigung über den fachgerechten Einbau verlangen. Macht zwar keiner, aber wenn er einen schlechten Tag, dann vielleicht schon. Schönes Beispiel sind die Pedalauflagen, die sich die meisten selbst einbauen. Rein rechtlich dürfte das nur eine Fachwerkstatt, da sicherheitsrelevant und mit Einbaubestätigung über fachgerechten Einbau. Wenn dann etwas passiert und sich das Pedal verklemmt, kann es z.B. sein, dass sich die Versicherung quer stellt.