Ich kann dir nicht viele Fragen beantworten, bedenke jedoch das du mit 2 Kindern natürlich auch mehr Platzbedarf hast. Ich finde das der 3er eher ein Lifestylekombi ist, als das er wirklich Platz hat. Da gibts sicherlich auch bessere Alternativen, abseits des BMW Spektrums (zB Skoda).
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Das muss dir natürlich vornherein im Klaren sein! Der Touring bietet relativ wenig Platz für einen Touring, ist dafür umso sportlicher. Wenn dir der Platz eines 3er Tourings passt (Kinderwagen, Urlaubsfahrten etc...), dann habt ihr mit dem 3er Touring natürlich ein perfektes Auto! Alternativ doch noch einen 5er E61 oder Passat ansehen 
Über den Motor musst du dir eigentlich keine Gedanken machen, die halten ewig. 200tkm stecken die locker weg. An die laufenden Kosten solltest du natürlich denken und bedenken, dass der DPF und Turbo bei ca. 200tkm recht hohe Kosten verursachen können/werden.
Über die Automatik musst du dir im Normalfall auch keine Gedanken machen, außer dass dein Wagen mehr Sprit verbraucht und etwas weniger Leistung hat, was ich allerdings vernachlässigen würde.
Bei 10-15tkm kannst du dir ruhig einen Benziner überlegen, aber dass rechnest du am besten selbst mal für dich selber durch. Normalerweise fängt ein Diesel bei 15-20tkm jährlich an zu lohnen. Gerade bei viel Kurzstrecke würde ich einen Benziner bevorzugen!
Gegen das Finanzieren/Leasen spricht grundsätzlich auch nichts, das kommt natürlich auf dich selber an, wie du dazu stehst. Das solltest du am besten mal durchrechnen lassen und dann für dich selbst entscheiden. Ich geh einfach mal davon aus, dass heutzutage relativ viele Leute ihre Wägen finanzieren/leasen. Was ich persönlich auf gar keinen Fall machen würde ist, wie kedroa schon geschrieben hat, über einen langen Zeitraum mit einem hohen Beitrag zu finanzieren.
Grundsätzlich spricht nichts gegen deine Gedanken, einzig der Zweitwagen macht mich etwas stutzig. 0-2000€ für einen Wagen, mit dem du immerhin 100km täglich fährst... Ich weiß ja nicht 
Darf ich noch Fragen, in welchem E91 der WOW-Effekt kam? War es ein LCI der gut ausgestattet war oder ein vFL der eher mager ausgestattet war? 
Gruß Jaky