Sollte 1 Benachrichtigung kommen, dann kommt die nächste Nachricht erst wieder,
nachdem man den entsprechenden Thread besucht hat...
Na das erklärt ja einiges. Es ist eine Schwäche im Algorithmus, denn Viele Bereiche lassen sich ohne eine Anmeldung erreichen.
Folgendes steckt dahinter: Wenn ich die erste Benachrichtigung erhalte und auf den Link in der Email klicke, dann gelange ich zu dem Thread und zu dem neuen Post. Wenn ich mich dabei nicht anmelden muss (davon gibt's ausreichend Threads) dann kann das System ja nicht merken, dass ich den Thread schon mal besucht habe. Das bedeutet, dass ich keine Benachrichtigung mehr über neue Posts bekomme, obwohl ich die alten Posts schon mal gesehen habe.
Die Lösung ist recht einfach. Das bisherige Verfahren sollte nur für Threads gelten, bei den man sich im System anmelden muss. Bei den anderen Threads sollten die Mails immer verschickt werden, sobald ein neuer Post reinkommt 
Gruß und ne schöne Woche
mICHal