Soweit ich weiss sagt 335i E91 nichts über den Motor (N54 oder N55) aus.
Du sagst du hast die Fehler gelöscht, die MKL leuchtet immer noch.
Ohne Fehlercodes wird dir keiner helfen können.
Mein Vorschlag:
Wenn du das USB-Kabel ans JB4 angeschlossen hattest,bau das JB4 nochmal ein, und lies die Fehler aus.