guten morgen 
die erste wäsche vor dem waxen solltest du mit spüliwasser machen, nimmt einfach sehr viel ab was auch das shampoo durch seine rückfettung nicht schafft, danach das ganze fahrzeug kneten, dazu kannst du dir auch ein wenig shampoowasser richten als gleitfilm. ne anleitung dazu stell ich gleich als extra thread nochmal ein.
danach nochmals waschen, da du ja keine lackreinigung mit step1 oder sonstigem machst.
die feinen kratzerles die du dir reingezogen hast kamen durch schmutz im waschhandschuh, fahrzeug immer gut spülen vorher und darauf achten das du den waschhanschuh immer wieder in sauberem wasser auswäscht, manche kratzerles lassen sich aber auch bei peniebelster reinhaltung nicht vermeiden.
das dein pad schwarz wurde liegt am schmutz in der tiefe, den du nur durch waschen nicht wegbekommen hast, die knete hätte dir den schmutz so gut wie restlos aus den poren gezogen, oder eben ein lackreiniger.
auf die haltbarkeit des waxes wirkt es sich nur gering aus, jedoch auf glanzgrad und farbtiefe.
entweder du knetest jetzt das ganze auto nochmal machst 1-2 schichten des polish drauf, das zeiht die auch noch den restlichen toten lack und schmutz aus den poren durch die öle, und waxt danach mindestens 3 schichten, dann haste erstmal ruhe.
oder du ziehst nur 1-2 waxschichten nach ner gründlichen wäsche nach und schliesst den schmutz unter ein.
wasserflecken die eingeschlossen wurden kannst du kurz abkneten und dann neu waxen an diesen stellen, wenn ihr sehr hartes wasser habt hilft es etwas essig auf ein tuch und kurz abrubbeln, ist das schonendste für den lack, profis machen auch ne saure wäsche wenn zuviel kalk am lack lagert, aber das passiert meist nur nach beregnungsanlagentests zwecks dichtigkeit. oder bei spoliern hinter denen sich das wasser absetzt, porscheflügel z.b..
wegen dem blütenfleck, wenn er sich mit knete net entfernen lässt, sitzt er net auf sondern im oberlack, hier würde wenn überhaupt nur ein leichter schleifanteil was bringen.
die pads wäscht du am besten im handbecken mit nem klecks spüli drauf 
liebe grüße
quaxi