jap meinte die Motorsoftware.
Wenn die injektoren alt blieben und das motorsteuergerät, sollten diese auch nochso wie zuvor programmiert sein.
Mit dem dpf(meine Meinung) sind die originalen gereinigt meist besser als die Zubehör.
Welche Marke hast du da?
Mkl könnte bezüglich der railüberwachung beim Start direkt an gehen. Fraglich ist nur warum es mal ist und mal nicht. Wackler am Stecker?
Rücklaufmenge sollte jede Werkstatt messen können die auch den Motor ein und aus baut, möchte hier dennoch keine Diskussion darüber anfangen.
Evtl. Ist jemand im forum der mit dem entsprechenden Werkzeug aushelfen kann.
Ich würde mal Richtung lmm und Diesel druck schauen/ bzw. loggen.
Bei einem neuen verbauten lmm kann es sein, dass ein Update vom motorsteuergerät nötig ist. ( hatte ich selbst schon beim e46 320d).
Allem in allem ist es schwierig, da wenn ich dich richtig verstehe du keine Software hast und es die Werkstatt für dich erledigen müsste.
Manchmal muss man die Werkstatt dennoch wechseln, wenn diese nicht weiter kommt.
Bei so vielen Themen die hier geändert/erneuert worden sind, ist ziemlich viel möglich 
Mal schauen was die Spezialisten noch schreiben.
Edit: injektoren ungeprüft nach einer Motor Überholung ein zu bauen, sehr risikobehaftet.
Unbedingt prüfen lassen.